DIMI, Università di Udine
Via delle Scienze 206
33100, Udine, Italia
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- Giuseppe Lancia è nato a Udine, ed è residente a Cervignano del Friuli (UD), Via della Vigna 9. Coniugato, un figlio.
Carriera:
- Ott. 2010 - Idoneo Prof. Ordinario, SSD MAT/09 Ricerca Operativa, Concorso Facoltà di Ingegneria, Università degli Studi di Roma 3
- Nov. 2005 - Prof. Associato Confermato, SSD MAT/09 Ricerca Operativa, Facoltà di Scienze, Università degli Studi di Udine
- Nov. 2002 - Prof. Associato, SSD MAT/09 Ricerca Operativa, Facoltà di Scienze, Università degli Studi di Udine
- Gen. 2002 - Adjunct Professor, Mathematics, Dept. of Mathematics and Computer Science, Colorado State University of Denver, USA
- Ago. 2002 - Idoneo Prof. Associato, SSD MAT/09 Ricerca Operativa, Concorso Facoltà di Economia, Università degli Studi di Venezia
- Mar. 2000 - Ricercatore Confermato, SSD MAT/09 Ricerca Operativa, Facoltà di Ingegneria dell'Università degli Studi di Padova
- Mar. 1997 - Ricercatore, SSD MAT/09 Ricerca Operativa, Facoltà di Ingegneria dell'Università degli Studi di Padova
Curriculum Studi
Giuseppe Lancia ha conseguito i seguenti titoli di studio:
- 1997, PhD, in Algorithms, Combinatorics and Optimization presso la Graduate School of Industrial Administration, Carnegie Mellon University, Pittsburgh, PA, USA. Argomento: Problemi di ottimizzazione in biologia molecolare computazionale (advisors: prof. Egon Balas, prof. R. Ravi).
- 1993, Master of Science, in Algorithms, Combinatorics and Optimization presso la Graduate School of Industrial Administration, Carnegie Mellon University, Pittsburgh, PA, USA. Argomento: Problemi di Schedulazione (advisor: prof. Egon Balas).
- 1990, Laurea in Scienze dell'Informazione, voto 110/110 e lode, presso l'Università degli studi, Udine. Argomento: Algoritmi di ottimizzazione e di flusso per problemi di schedulazione a risorse limitate (advisor: prof. Paolo Serafini).
Giuseppe Lancia ha frequentato le seguenti scuole estive di perfezionamento:
- 2000, C.I.M.E. (Centro Internazionale Matematico Estivo, Martina Franca, Italia). Metodi matematici per il disegno e l'analisi della struttura delle proteine.
- 1997, ESI XV (15o Euro Summer Institute, Valle d'Aosta, Italia). Schedulazione della Produzione. Approcci Deterministici, Stocastici e Fuzzy.
- 1994, IMA Summer School (Institute for Mathematics and its Applications, University of Minnesota, Minneapolis, MN, USA). Biologia Molecolare e Computazionale.
Attività didattica
Carnegie-Mellon University (fino al 1996) :Nel periodo passato alla Carnegie Mellon University, Giuseppe Lancia ha svolto attività didattica, per studenti di primo livello (undergraduate) e di secondo livello (master in industrial administration e phd), in qualità di professore a contratto (P), grader (G), o teaching assistant (TA), nei seguenti corsi:
- Advanced Sequencing and Scheduling (MSIA - P).
- Graph Theory (PhD - G/TA), titolare prof. G. Cornuejols.
- Networks and Matchings (PhD - G/TA), titolare prof. R. Ravi.
- Network Algorithms (MSIA - G/TA), titolare prof. E. Balas.
- Sequencing and Scheduling (MSIA - G/TA), titolare prof. E. Balas.
- Dynamic Programming (PhD - G), titolare prof. P. Serafini.
- Combinatorial Analysis (Underg - G), titolare prof. A. Frieze.
Università di Padova: (1997-2002)
L'attività didattica di Giuseppe Lancia presso l'Università di Padova, si è svolta principalmente con riferimento agli insegnamenti del settore disciplinare MAT09-Ricerca Operativa. Giuseppe Lancia ha tenuto con continuità seminari di teoria ed esercitazione, fatto parte delle commissioni d'esame ed effettuato assistenza a studenti e laureandi per il corso di Ricerca Operativa relativo a:
- Corsi di Laurea in Ingegneria Elettronica, Meccanica, Civile e delle Telecomunicazioni (titolare prof. Romanin Jacur, Prof. Brunetta dal 2001), Teoria dei Grafi, Reti di Flusso e Programmazione Lineare Intera, (A.A. 96/97, 97/98, 98/99, 01/02)
- Corso di Laurea in Ingegneria Informatica (titolare prof. Fischetti), Modelli, Teoria dei Grafi e Reti di Flusso, (A.A. 97/98, 98/99, 99/00)
- saltuarie supplenze per il Corso di Ingegneria Gestionale (titolare prof. Romanin Jacur), Programmazione Lineare, Simplesso, Teoria dei Grafi, (AA 97/98, 98/99, 99/00)
Ha inoltre tenuto per affidamento il corso di Fondamenti di Informatica per Ingegneria Informatica (AA 01/02, 02/03)
E' autore di una dispensa sulla Programmazione Lineare Intera, e di una dispensa sulla Teoria della Complessità, per il corso di Ricerca Operativa per Ingegneria Civile, Elettronica, Meccanica e delle Telecomunicazioni.
È stato correlatore di varie tesi di laurea in Ricerca Operativa (con particolarte interesse alle applicazioni alla Biologia Molecolare).
Ha partecipato a numerose sessioni di Laurea in Ingegneria Informatica, Elettronica e delle Telecomunicazioni, in qualità di membro della commissione. Ha fatto parte della commissione per l'Esame di Stato per l'abilitazione all'esercizio della Professione di Ingegnere.
Università di Udine: (2002-)
L'attività didattica di Giuseppe Lancia presso l'Università di Udine, si svolge principalmente con riferimento agli insegnamenti del settore disciplinare della Ricerca Operativa e affini. Giuseppe Lancia ha fatto parte della commissione didattica per il corso di laurea in Biotecnologie, fac. di Scienze, in cui è titolare del corso "Matematica Discreta".
Corsi tenuti da titolare:
- Matematica Discreta, laurea in Biotecnologie (2003-2011)
- Matematica Discreta, laurea in Informatica (2011-2012)
- Modelli e Algoritmi per la Gestione delle Risorse, laurea in Informatica (2002-2010) (dal 2006 valido anche come Ottimizzazione 3 per studenti di Matematica)
- Modelli per le Decisioni, lauree in Informatica e Matematica (Ottimizzazione 3) (2011-2012)
- Bioinformatica, laurea in Biotecnologie (2004-2012)
- Algoritmi Avanzati, corso di laurea in Informatica, (2006-2007)
- Algoritmi di Approssimazione, scuola di Dottorato in Informatica, (2010-2011)
- Informatica integrata nelle scienze, Scuola di Specializzazione per l'insegnamento nella Scuola Secondaria (2003-2008)
Dal 2009, Giuseppe Lancia fa parte del collegio del corso di dottorato in Informatica dell'Università di Udine.
Ha curato la preparazione di una dispensa sulla Matematica Discreta, e di una dispensa su Algortimi esatti e approssimati, per il corso di M.A.G.R., Informatica.
Ha curato tesi di laurea su argomenti di ricerca operativa e partecipato a numerose sessioni di Laurea in Scienze dell'Informazione, in qualità di membro della commissione.
Attività didattica presso altri atenei:
Dal 2005 al 2009, Giuseppe Lancia ha fatto parte del collegio del corso di dottorato in Matematica Computazionale, Università di Padova. Inserito in tale programma tiene da alcuni anni il corso "Ottimizzazione in Biologia Computazionale" (AA 2003/04, 04/05, 05/06). E' inoltre docente del corso "Algoritmi di Approssimazione" (AA 2007/08, 2008/09).
Nel periodo Febbraio-Maggio 2005 ha tenuto il corso di 20 ore "Applicazioni di Ottimizzazione discreta" presso il politecnico di Milano, studenti di Ingegneria di primo livello e laurea specialistica. Il corso si è occupato di modelli di ottimizzazione per problemi di biologia molecolare.
In Settembre 2005 ha tenuto il corso di 10 ore "Integer Programming for Computational Biology", inserito nella scuola estiva europea BCI 2005, Dobbiaco (BZ)
Dal 2002 è Adjunct Professor of Mathematics presso il Dept. Of Mathematics and Computer Science, University of Colorado at Denver. Nel Settembre 2005 ha tenuto a Denver il mini-corso "Optimization models for biology problems" (8 h).
Nel Maggio 2002 ha tenuto, per contratto, il corso "Optimization in Computational Biology", inserito nel programma di dottorato di ricerca in Informatica, Università di Trento.
In Giugno 2002 ha contribuito con una lettura alla scuola CIRO in Ricerca Operativa, presso l'Università di Siena.
Attività scientifica
- L'attività di ricerca di Giuseppe Lancia si è incentrata principalmente su aspetti teorici e applicativi relativi a Ottimizzazione Combinatoria e Programmazione Matematica. Gli aspetti teorici hanno riguardato formulazioni compatte di modelli di programmazione intera, schemi di approssimazione polinomiale, algoritmi approssimati. Gli aspetti applicativi hanno riguardato network design, schedulazione e, soprattutto, applicazioni della Programmazione Matematica al campo della biologia computazionale. L'attività di Giuseppe Lancia ha contribuito alla divulgazione delle sofisticate tecniche matematiche proprie della Ricerca Operativa (quale la Programmazione Lineare Intera), per la soluzione di problemi NP-hard della Biologia Computazionale, affiancandole a tecniche più note e approcci già consolidati nel settore, quali programmazione dinamica e algoritmi approssimati. In effetti, la stessa formazione universitaria di Giuseppe Lancia lo porta a considerare i problemi da diversi punti di vista: il corso di dottorato in Algorithms, Combinatorics and Optimization presso la Carnegie-Mellon (unico al mondo all'epoca, ora ne esistono di simili in varie università USA) è infatti la sintesi di 3 dottorati riuniti in uno: gli studenti ammessi (uno per ogni 30 candidati circa) sono tenuti a superare i corsi di dottorato, e sostenere i rispettivi qualifiers, presso i dipartimenti di Computer Science (Algorithms), Mathematics (Combinatorics) e Operations Research (Optimization).
- L'attività scientifica di Giuseppe Lancia si è svolta principalmente presso il Dipartimento di Elettronica e Informatica della Facoltà di Ingegneria dell'Università di Padova, il Dipartimento di Matematica e Informatica della Facoltà di Scienze dell'Università di Udine e, in gran parte, presso vari laboratori e istituti di ricerca internazionali. Dal 1997 ad oggi ha svolto ricerche nell'ambito di vari Progetti Nazionali MURST/MIUR, PRIN, FIRB. Si è inoltre operato ad organizzare e partecipare a periodici seminari del gruppo di Bioinformatica dell'Università di Padova.
- Progetti finanziati:
- Cofin. MURST, MOST (Coord. naz. Prof. Di Pillo) 1997
- Cofin. MIUR, (PRIN) Modelli, Algoritmi e Programmi per l'analisi di Biosequenze. (Coord. naz. Prof.ssa Saccone) 1999
- Cofin. MIUR, (PRIN) Ottimizzazione e simulazione nei sistemi mainfatturieri complessi e nei sistemi aeroportuali. (Coord. naz. Prof. Agnetis) 2001
- Cofin. MIUR, (PRIN) Scoperta di Motivi in Biosequenze. Combinatoria e Algoritmi. (Coord. naz. Prof. Apostolico) 2003
- Progetto FIRB, Bioinformatica per la Genomica e la Proteomica. (Coord. naz. Prof.ssa Saccone) 2003
- Cofin. MIUR, (PRIN) Modelli di data mining e di ottimizzazione per le applicazioni biologiche e mediche, (coord. naz. Prof. Vercellis, coord. loc. Lancia) 2007
- È stato visiting scientist, su invito, presso le seguenti scuole e laboratori di prestigio internazionale:
- Luglio-Agosto 1998. Presso la Graduate School of Industrial Administration, Carnegie Mellon University, su invito del prof. R. Ravi, dove ha sviluppato il programma GESTALT per l'allineamento di sequenze genomiche.
- Novembre 1999-Novembre 2000. Presso i Sandia National Laboratories, U.S. Government, Albuquerque, USA, su invito del dr. S. Istrail, dove si è occupato di ricerca nel campo della programmazione lineare intera e delle sue applicazioni alla Biologia Molecolare Computazionale.
- Novembre 2000-Maggio 2001. Presso i laboratori della Celera Genomics, Rockville, MD, su invito del dr. Gene Myers, dove ha collaborato al lavoro di sequenziamento e organizzazione della prima decodificazione del genoma umano. Su tale sua esperienza (unico italiano nel team di computer scientists di Celera al lavoro sul sequenziamento del genoma umano) sono apparsi articoli su alcuni quotidiani italiani tra cui il Corriere della Sera, Il Giornale, La Stampa, La Repubblica, Il Gazzettino.
- Agosto 2003-Settembre 2003, Presso il dip. di Computer Science della University of Newcastle, Newcastle, Australia, su invito del prof. Pablo Moscato, dove si e' occupato di problemi relativi all'analisi combinatorica di polimorfismi di singoli nucleotidi.
- Gennaio 2004-Marzo 2004, presso il Mathematical Biosciences Institute, della Ohio State University, Columbus, OH, USA, su invito del prof. Avner Friedman, dove si e' occupato di problemi matematici relativi alla diagnosi e cura di particolari tumori.
- Ottobre 2004-Novembre 2004, presso il RUTCOR, della Rutgers University, New Burnswick, NJ, USA, su invito del prof. Peter Hammer, dove si e' discusso della creazione di una nuova rivista di ottimizzazione combinatoria per problemi di biologia molecolare e life sciences in genere.
- Giugno 2005--Luglio 2005, Presso la Tepper School of Business della Carnegie Mellon University, Pittsburgh, PA, su invito del prof. R. Ravi, dove ha lavorato a modelli approsimati ed esatti, basati su programmazione lineare intera, per l'associazione di malattie a genotipi umani.
- Febbraio 2006--Marzo 2006, presso i laboratori dell'IRISA/INRIA di Rennes (Francia) su invito del prof. Rumen Andonov, con cui ha collaborato allo sviluppo di modelli di programmazione lineare intera per il confronto di strutture proteiche.
- Febbraio 2008--Marzo 2008, presso i Sandia National Laboratories, U.S. Government, Albuquerque, USA, su invito del dr. R. Carr, dove si e' occupato di un'applicazione di tecniche di programmazione lineare intera alternative alla programmazione semidefinita per il problema del maxcut.
- È stato program committee member delle seguenti conferenze internazionali (tra cui RECOMB, la piu' prestigiosa conferenza mondiale di biologia computazionale):
- 1st 3DPVT (3D Data Processing Visualization and Transmission), IEEE, Padova, 2002
- 2nd WABI (Workshop on Algorithms in Bioinformatics), ETACS, Rome, 2002
- 7th RECOMB (Int. Conf. on Computational Biology), ACM, Berlin, 2003
- 8th RECOMB (Int. Conf. on Computational Biology), ACM, MIT Boston, 2004
- 9th RECOMB (Int. Conf. on Computational Biology), ACM, S. Diego, 2005
- 5th WABI (Workshop on Algorithms in Bioinformatics), ETACS, Ibiza, 2005
- 3rd RECOMB CG (RECOMB Satellite meeting), Dublin, 2005
- 4th BCB (Annual Bertinoro Computational Biology meeting), Bertinoro, 2005
- 10th RECOMB (Int. Conf. on Computational Biology), ACM, Venice, 2006
- 1st F.I.M.A. Int. Conf., Champoluc, 2006
- 6th ENC (Annual Encuentro Intern. de Ciencias de la Computacion), Sant Louis Potosi, Mexico, 2006
- 5th ECCB (European Conf on Comp Bio), Eilat, 2006
- 7th BIOKDD (Int. Workshop on Data Mining in Bioinformatics), S.Jose, USA, 2007
- 8th BIOKDD (Int. Workshop on Data Mining in Bioinformatics), Las Vegas, USA, 2008
- Nel 2003 e 2004 È stato associate editor di INFORMS Journal on Computing per una special issue su Ricerca Operativa e Biologia Computazionale.
- Nel 2006 e 2007 È stato associate editor di BMC Bioinformatics curando uno special issue dedicato a selected papers dalla conferenza RECOMB 2006.
- Dal 2008 e' membro dell'editorial board della rivista Algorithms (ISSN 1999-4893).
- Ha collaborato e collabora, in qualità di ``referee'', con numerose riviste internazionali:
- 4OR
- Algorithmica
- Annals of Operations Research
- Bioinformatics
- CABIOS
- Discrete Applied Mathematics
- European Journal of Operational Research
- IEEE/ACM Transactions on Bioinformatics and Computational Biology
- INFORMS Journal on Computing
- Journal of the ACM
- Journal of Bioinformatics and Computational Biology
- Journal of Computational Biology
- Journal of Discrete Algorithms
- Networks
- Operations Research
- SIAM Journal on Computing
- SIAM Journal on Discrete Mathematics
- Theoretical Computer Science
- E' stato revisore di progetti di cofinanziamento nazionale (stile PRIN) stranieri, tra cui la Netherlands Organization for Scientific Research (2009) e la Portuguese Foundation for Science and Technology
- Ha svolto attività di referaggio per conferenze internazionali quali European Symposium on Algorithms (ESA), ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms (SODA), ACM REsearch in COMputational Biology (RECOMB), Combinatorial Pattern Matching (CPM), Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) e Workshop on Algorithms and Data Structures (WADS). È stato inoltre coordinatore nel 1998, e co-chair, unitamente ai proff. Serafini (Università di Udine) e R. Ravi (Carnegie Mellon University, USA) della prima scuola internazionale in Biologia Computazionale in Italia, presso il C.I.S.M. di Udine, con partecipazione di docenti di assoluto prestigio (tra cui Richard Karp, Pavel Pevzner, Gene Myers, Dan Gusfield, Martin Farach, ed altri).
- Ha partecipato a numerosi Congressi Nazionali ed Internazionali, presentando relazioni scientifiche, ed ha presentato su invito alcuni seminari presso prestigiose Università e laboratori internazionali. È stato invitato come plenary speaker a
e come semi-plenary speaker al al congresso annuale dell'AIRO, 2005. Segue lista delle presentazioni tenute personalmente:
- congresso annuale della Associazione Ricerca Operativa Croata (KOI, 2002)
- congresso annuale della Federazione Italiana di Matematica Applicata (FIMA, 2006)
- Giornate dell'Isitituto Nazionale di Alta Matematica (INDAM, 2006)
CONFERENZE NAZIONALI E INTERNAZIONALI
- Tiling binary matrices in haplotyping: Complexity, algorithms and models, The Prague Stringology Conference (PSC10), Praga, CZ, Settembre 2010
- Local Search Inequalities, AIRO2008, Ischia, Settembre 2008
- CollHaps: a heuristic approach to haplotype inference by parsimony, EURO XXII, Praga, CZ, Luglio 2007
- Flipping letters to minimize the support of a string, The Prague Stringology Conference (PSC06), Praga, CZ, Settembre 2006
- The String Barcoding Problem is NP-Hard, RECOMB-CG, Dublin, Ireland, Settembre 2005
- Reducing the k-mer diversity of a string, AIRO2004, Lecce, 2004
- Optimization Problems in Polymorphism Analysis, INFORMS meeting, University of Denver, Denver, CO, USA, Ottobre 2004
- Practical Algorithms and Fixed-Parameter Tractability for the Single Individual Haplotyping Problem, WABI 2002, Roma, Settembre 2002
- Optimal and near optimal solutions for 3D structure comparisons, IEEE 3DPVT 2002, Padova, Giugno 2002
- Structural Alignment of Large-Size Proteins via Lagrangian Relaxation, ACM RECOMB02, Washington D.C., USA, Aprile 2002
- A Successful Application of Compact Optimization: The Protein Folding Comparison Problem, AIRO2001, Villasimius, Settembre 2001
- SNPs Problems, Complexity and Algorithms, ESA01, Aarhus, Danimarca, Agosto 2001
- Easy and Hard Cases of SNP Haplotyping Problems, EURO2001, Rotterdam, Olanda, Luglio 2001
- 101 Optimal PDB Structure Alignments: A Branch-and-Cut Algorithm for the Maximum Contact Map Overlap Problem, ACM RECOMB01, Montreal, Canada, Aprile 2001
- Experimental and Statistical Analysis of Sorting by Reversals, Gene Order Dynamics, Comparative Maps and Multigene Families (DCAF), Montreal, Canada, Settembre 2000
- GESTALT: GEnomic STeiner ALignmenT, CPM 99, Warwick, England, Luglio 1999
- An exact algorithm for Minimum Routing Trees. An application to computational biology., MOST, Giornate AIRO, Treviso, Italy, Settembre 1998
- A Branch-and-Price Algorithm for Minimum Routing Trees, SIAM conference on Discrete Mathematics, Toronto, Canada, Luglio 1998
- A PTAS for Minimum Routing Cost Spanning Trees, ACM-SIAM SODA98, S. Francisco, USA, Gennaio 1998
- Job Shop Scheduling with Deadlines, AIRO97, St. Vincent, Italy, Settembre 1997
- Job Shop Scheduling with Deadlines, ISMP97, Lousanne, Switzerland, Agosto 1997
- Banishing Bias from Consensus Sequences, CPM 97, Aahrus, Denmark, Luglio 1997
- Scheduling with Deadlines and Forbidden Times, INFORMS 96, Washington DC, Aprile 1996
SEMINARI SU INVITO
- A tour of combinatorial optimization trhough a single problem: Max Parsimony Haplotyping, Seminario Permanente di Ottimizzazione, Firenze, Febbraio 2009
- Strengthening the SDP approach for MaxCut via branch-and-cut, SANDIA Natl. Labs, Albuquerque, USA, Marzo 2008
- Mathematical Programming Approaches in Computational Biology, MIP 2006: Workshop on Mixed Integer Programming, Miami, USA, Giugno 2006
- The combinatorics of haplotype reconstruction, I.R.I.S.A., Rennes, Francia, Febbraio 2006
- The phasing of heterozygous traits: algorithms and complexity, (plenary lecture), 1st FIMA conference, Champoluc, Gennaio 2006
- Combinatorial Problems in the analysis of Human Polymorphisms, (semi-plenary lecture), AIRO05, Camerino, Settembre 2005
- Combinatorial problems in genotyping, IASI C.N.R., Roma, Febbraio 2005
- Un viaggio nella biologia computazionale, Politecnico di Milano, Gennaio 2005
- A journey through (optimization problems in) computational biology, RUTCOR, Rutgers University, Ne Brunswick, NJ, USA, Ottobre 2004
- Mathematical Programming Techniques in Computational Biology, CBC, Dobbiaco (Bz), Settembre 2004
- Combinatorial Polymorphism Problems, University of Florida, Gainesville, FL, USA, Febbraio 2004
- Combinatorial Optimization Problems for Human Polymorphisms, Mathematical Bioscience Institute, Columbus, OH, USA, Febbraio 2004
- Matematica e Genoma Liceo Scientifico Paleocapa, Rovigo, Aprile 2003
- Combinatorial Optimization Problems in the Study of Human Diversities (Plenary lecture), IX Conferenza Internazionale di Ricerca Operativa KOI 2002, Trogir, Croazia, Ottobre 2002.
- Combinatorial Problems for Single Nucleotide Polymorphisms, Serie S.I.A., University of Rome "La Sapienza", Marzo 2002
- Identification of Alleles in DNA sequences, University of Trento, Febbraio 2002
- Computational Molecular Biology: an Overview of Some Representative Problems, Istituto per la Ricerca Scientifica e Tecnologica (IRST), Trento, Novembre 2001
- Branch and Bound in Computational Biology. Applications to genetic markers, genome rearrangements and structure alignment, Celera Genomics, Rockville, MD, Giugno 2000
- Contact Map Overlap and Related Independent Set Problems, CS Colloquia Series, University of New Mexico, Albuquerque, Maggio 2000
- Using Trees to Align Genomic Sequences, Graduate School of Industrial Administration, Carnegie Mellon University, Pittsburgh, USA, Agosto 1998
- Column Generation in Computational Biology. Algorithms for Genome Rearrangements and Multiple Sequence Alignment, Sandia National Labs, Albuquerque, USA, Gennaio 1998
- Combinatorial Optimization Problems in Molecular Biology, Politecnico of Torino, Gennaio 1996
- Combinatorial Optimization Problems in Molecular Biology, University of Udine, Giugno 1995
- Molecular Biology and Related Combinatorial Problems, University of Bologna, Settembre 1994
- Molecular Biology and Related Combinatorial Problems, University of Padova, Settembre 1994
- Scheduling with Deadlines and Forbidden Times, University of Pisa, Dicembre 1993
WORKSHOPS E SCUOLE INTERNAZIONALI
- Operations Research in the Life Sciences University of Denver, CO, USA, July 2005
- Integer Programming Approaches to Protein Structure Comparison , GENOT3D, Nizza, Francia, Maggio 2005
- Optimization Problems in Computational Molecular Biology, 3a Scuola CIRO, Siena, Giugno 2002
- Exact Methods for Protein Structure Alignment, C.I.M.E. summer school, Martina Franca, Italy, Luglio 2000
- A Branch-and-Price Algorithm for Minimum Routing Cost Trees, 3rd Combinatorial Optimization Workshop, Aussois, France, Marzo 1999
- The 2-machine Loading/Scheduling Problem, ESI XV, St. Vincent, Italy, Settembre 1997
- A Column-Generation Based Branch And Bound Algorithm for Sorting by Reversals, DIMACS Workshop in Computational Biology, New Brunswick, NJ, Settembre 1995
- Resource-Constrained Project Scheduling Problems, Workshop on Advances in Methodology and Software in Decision Support Systems, IIASA, Laxenburg, Austria, Agosto 1990
- Nel 1997 è stato selezionato tra 30 giovani scienziati europei ammessi al XV Euro Summer Institute, St. Vincent, su problemi di schedulazione.
- Nel 1999 ha partecipato, su invito, al 3rd Combinatorial Optimization Workshop, Aussois, Francia.
- È attualmente, o è stato in passato, membro del SIAM (Society for Industrial Applied Mathematics), CIRO (Centro Interuniversitario per la Ricerca Operativa), INFORMS (Institute for Operations Research and the Management Sciences), AIRO (Associazione Italiana di Ricerca Operativa), ISCB (International Society for Computational Biology), BITS (Bioinformatics Italian Society).
- Ha ricevuto i seguenti Premi e Riconoscimenti:
- A.C.O. grant, 1995/97, Carnegie-Mellon University
- William Larimer Mellon Fellowship grant, Carnegie-Mellon University, 1991-1994
- Vincitore Borsa di Studio per attività di Perfezionamento o Specializzazione presso Istituzioni Estere, un anno, Area delle Scienze Matematiche, Ministero Dell'Università e della Ricerca Scientifica e Tecnologica, Università degli studi di Udine, D.R. 1140, 1991
- Borsa di Studio per Laureandi in Discipline Afferenti al Comitato Nazionale per le Scienze Matematiche (a cui ha rinunciato), C.N.R., Bando 209.01.54, 1990
Elenco pubblicazioni Le pubblicazioni di Giuseppe Lancia sono apparse/accettate sulle seguenti riviste: INFORMS Journal on Computing, Networks, SIAM Journal on Computing, European Journal of Operational Research, Journal of Combinatorial Optimization, Discrete Applied Mathematics, Operations Research Letters, Annals of OR, 4OR, Theoretical Computer Science, Journal of Computer Science and Technology, Computers and Mathematics with Applications, International Journal Of Foundations of Computer Science, IEEE/ACM Transactions on Bioinformatics and Computational Biology, Journal of Computational Biology, Briefings in Bioinformatics, American Journal on Human Genetics, Algorithms for Molecular Biology. Inoltre alcune pubblicazioni sono apparse nei proceedings di conferenze molto selettive quali ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms (SODA) e ACM REsearch in COMputational Biology (RECOMB) la cui soglia di accettazione è inferiore a un lavoro ogni 4. Altre conferenze con proceedings includono European Symposium on Algorithms (ESA) e Combinatorial Pattern Matching (CPM). Infine ha contribuito con capitoli in volumi quali Springer's Encyclopedia of Algorithms, DIMACS Series in Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, Springer's Series in Operations Research and Management Science, Kluwer's Series in Computational Biology e Lecture Notes in Bioinformatics (C.I.M.E. Lecture Notes).
Problemi di Schedulazione
Nell'ambito del noto problema del Job Shop, si è studiata la generalizzazione al caso di deadlines e forbidden times ([I3, A7]) per il minimo makespan e un modello di programmazione intera con generazione colonne per il minimo tempo medio di completamento ([A10]). In ([A5]) si è proposto un metodo efficiente di enumerazione per la soluzione del problema di schedulazione periodica. Infine, in ([I6]) si descrive un branch-and-bound per il problema di min makespan su due macchine parallele indipendenti.
Network Design
Dato un grafo pesato, il routing cost di un albero di supporto è la somma delle lunghezze dei cammini fra ogni coppia di nodi. In ([I5, C2]) viene descritto un Polynomial Time Approximation Scheme per tale problema e in [A9] si illustra un'applicazione all'allineamento di sequenze genomiche. . La soluzione esatta del problema, per via poliedrale, viene studiata in ([A8],[I8]).
Programmazione Matematica
In ([I9, R6]) viene proposto un metodo per la formulazione compatta di alcuni modelli con un numero esponenziale di vincoli/variabili, di cui un'applicazione e' descritta in [I16,A14]. In ([A12]) viene descritto un metodo automatico per trasformare disuguaglianze valide per l'ATSP in disuguaglianze valide per il STSP. In ([A24]) introduciamo una nuova classe di disuguaglianze generali per modelli ILP che possono essere usate per velocizzare l'esplorazione di un albero di ricerca branch-and-bound.
Applicazioni della Ricerca Operativa in Biologia Molecolare Computazionale
Le applicazioni della Ricerca Operativa alla Biologia Molecolare sono riassunte in [V4], nonche' oggetto di ricerca in [I12,I14]. Tra esse, le seguenti. Sono stati utilizzati metodi tipici dell'ottimizzazione combinatoria per risolvere problemi di analisi dati in biologia molecolare. In particolare, metodi branch-and-price e statistici per il calcolo di distanze evolutive fra genomi ([V2, V1, I7, C4, R4, R2, A6]), metodi euristici e basati su LP Randomized Rounding per l'allineamento di biosequenze ([C3, C1]), branch-and-bound per problema del genotyping ([I4, I2, I1, R3]), branch-and-cut per l'allineamento di strutture proteiche tridimensionali ([C7, R5, A11]) e un approccio Lagrangiano per lo stesso ([C8, C9]). Su tale area un survey e' apparso in [V3]. Sono stati sviluppati algoritmi polinomiali per casi speciali del problema di Haplotyping ([I17, C6, I10, I15, C10, A13, R7]).
Applicazioni della Ricerca Operativa in Chimica Molecolare
In ([C5]) è stata studiata la complessità computazionale di alcuni problemi di costruzione di grafi con determinate proprietà topologiche. Ad esempio grafi in cui la somma delle lunghezze dei cammini minimi (Wiener Index) ha un determinato valore. Quando i nodi rappresentano atomi e gli archi legami chimici si hanno applicazioni in chimica combinatorica.
CITAZIONI (Dati aggiornati ad agosto 2008:) L'articolo piu' citato (fonte Google Scholar) e' [I5] con 111 citazioni. Seguono [I11] con 87 citazioni e [I2] con 73 citazioni. Il mio h-index e' 16 (almeno 16 lavori hanno almeno 16 citazioni ciascuno - fonte Google Scholar).
Pubblicazioni su riviste internazionali [I]
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[I23] G. Lancia, F. Rinaldi and R. Rizzi, ``Flipping letters to minimize the support of a string'', International Journal of Foundations of Computer Science, 19(1), 5-17, 2008.
[I22] G. Lancia, R. Ravi and R. Rizzi, ``Haplotyping for disease association: a combinatorial approach'', IEEE/ACM Transactions on Bioinformatics and Computational Biology, 5(2), 245-251, 2008.
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Capitoli in volumi con valutazione a diffusione internazionale [V]
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[V7] P. Bertolazzi, G. Felici and G. Lancia, ``Application of Feature Selection and Classification to Computational Molecular Biology'', in Biological Data Mining, Chapman \& Hall/CRC Press, 257-293, 2009.
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[V5] G. Lancia, ``Mathematical Programming Approaches for Computational Biology Problems'', in Modelli e Algoritmi per l'Ottimizzazione di Sistemi Complessi - Atti della Scuola CIRO 2002, (A. Agnetis and G. Di Pillo eds), 265-310, 2003
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Convegni internazionali con valutazione (quelli estremamente selettivi sono evidenziati con (*) ) [C]
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[C14] G. Lancia, P. Serafini and F. Rinaldi, ``A compact optimization approach for job-shop problems'', in Multidisciplinary Internbational Scheduling conference: Theory and Application (MISTA07), 293--300, 2007
[C13] G. Lancia, F. Rinaldi and R. Rizzi, ``Flipping letters to minimize the support of a string'', in The Prague Stringology Conference, PSC06, Lecture Notes in Computer Science, 2006
[C12] M. Dalpasso, G. Lancia and R. Rizzi, ``The String Barcoding Problem is NP-Hard'', in RECOMB Satellite on Comparative Genomics, (A. Mc Lyshag and D. Huson eds), Lecture Notes in Bioinformatics, Springer, 85--93, 2005
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[C9] A. Caprara and G. Lancia, ``Optimal and Near-Optimal solutions for 3D Structure Comparisons'', 1st IEEE Conference on 3D Data Processing, Visualization and Transmision (3DPVT), 737-744, IEEE press, 2002.
(*) [C8] A. Caprara and G. Lancia, ``Structural Alignment of Large-Size Proteins via Lagrangian Relaxation'', 6th ACM Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB), 100-109, ACM press, 2002 (35 lavori accettati / 118 sottomessi).
(*) [C7] G. Lancia, B. Carr, B. Walenz and S. Istrail, ``101 Optimal PDB Structure Alignments: A Branch-and-Cut Algorithm for the Maximum Contact Map Overlap Problem'', 5th ACM Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB), 193-202, ACM press, 2001 (35 lavori accettati / 128 sottomessi).
(*) [C6] G. Lancia, V. Bafna, S. Istrail, R. Lippert and R. Schwartz, ``SNPs Problems, Algorithms and Complexity'', European Symposium on Algorithms (ESA), (ps file) Lecture Notes in Computer Science, 2161:182-193, Springer-Verlag eds., 2001 (41 lavori accettati / 102 sottomessi).
(*) [C5] D. Goldman, S. Istrail, G. Lancia, A. Piccolboni, and B. Walentz, ``Algorithmic Strategies in Combinatorial Chemistry'' (ps file), XI ACM-SIAM Symposium On Discrete Algorithms (SODA), 275-284, 2000 (123 lavori accettati / 335 sottomessi).
(*) [C4] A. Caprara, G. Lancia and S. K. Ng, ``Fast Practical Solution of Sorting by Reversals'' (ps file), XI ACM-SIAM Symposium On Discrete Algorithms (SODA), 12-21, 2000 (123 lavori accettati / 335 sottomessi).
[C3] G. Lancia and R. Ravi, ``GESTALT: GEnomic STeiner ALigmenTs'' (ps file) Combinatorial Pattern Matching (CPM), Lecture Notes in Computer Science, 1645:101-114, Springer-Verlag eds., 1999 (19 lavori accettati / 26 sottomessi).
(*) [C2] B.Y. Wu, G. Lancia, V. Bafna, K. M. Chao, R. Ravi and C. Y. Tang, ``A PTAS for the Minimum Routing Cost Tree Problem'' (ps file), IX ACM-SIAM Symposium On Discrete Algorithms (SODA), 21-32, 1998 (78 lavori accettati / 238 sottomessi).
[C1] A. Ben Dor, G. Lancia, J. Perone and R. Ravi, ``Banishing Bias from Consensus Sequences'' (ps file) Combinatorial Pattern Matching (CPM), Lecture Notes in Computer Science, 1264:247-261, Springer-Verlag eds, 1997 (21 lavori accettati / 32 sottomessi).
Rapporti tecnici [R]
[R7] V. Bafna, D. Gusfield, G. Lancia and S. Yooseph, ``Haplotyping as Perfect Phylogeny: a Direct Approach'', (ps file) Technical Report CSE-2002-21, UC Davis, 2002
[R6] R. Carr and G. Lancia, ``Compact vs Exponential-size LP Relaxations'', (online pdf) Technical Report SAND2000-2170, Sandia National Labs, Albuquerque, 2000
[R5] R. Carr, G. Lancia and S. Istrail, ``Branch-and Cut Algorithms for Independent Set Problems: Integrality Gap and an Application to Protein Structure Alignment'', (online pdf) Technical Report SAND2000-2171, Sandia National Labs, Albuquerque, 2000
[R4] A. Caprara, G. Lancia, S.K. Ng, ``Sorting Permutations by Reversals through Branch-and-Price'', (ps file) Research Report OR/99/1 DEIS, Università di Bologna, 1999
[R3] G. Lancia and M. Perlin, ``Genotyping of Pooled Microsatellite Markers by Combinatorial Optimization Techniques'', WP 1995-30 G.S.I.A., Carnegie Mellon University, 1995
[R2] A. Caprara, G. Lancia, S.K. Ng, ``A Column-Generation based Branch-and-Bound Algorithm for Sorting by Reversals'', Research Report OR/95/7 DEIS, Università di Bologna, 1995
[R1] G. Lancia, ``The 2-Machine Loading-Scheduling Problem'', WP1992-27 G.S.I.A., Carnegie-Mellon University, 1992
Altri lavori scientifici [A]
[A25] G. Lancia, F. Rinaldi and P. Serafini, ``Local Search Inequalities'', AIRO2008, Ischia, 2008.
[A24] P. Bertolazzi, G. Felici and G. Lancia, ``Barcode analysis with optimized logic formulas'', AIRO2007, Genova, 2007.
[A23] G. Lancia, F. Rinaldi and P. Serafini, ``A compact optimization approach for job-shop problems'', AIRO2007, Genova, 2007.
[A22] P. Bertolazzi, A. Godi, G. Lancia, and L. Tininini, ``CollHaps: a heuristic approach to haplotype inference by parsimony'', EURO XXII, Praga, CZ, 2007.
[A21] G. Lancia, P. Serafini, ``A branch-and-price-and-cut approach to the parsimony haplotyping problem'', AIRO2006, Cesena, 2006.
[A20] G. Lancia, ``The phasing of heterozygous traits: algorithms and complexity'', 1st FIMA Intl conference, Champoluc, 2006.
[A19] P. Bertolazzi, C. Gentili and G. Lancia, ``Feature Selection and Logic Classification to identify Thrombin-binding Compounds'', 1st FIMA Intl conference, Champoluc, 2006.
[A18] L. Tininini, P. Bertolazzi, A. Godi, G. Lancia, ``CollHaps: Haplotype Inference by Collapse Rules'', Poster Session, RECOMB, Venezia, 2006.
[A17] G. Lancia, R. Rizzi, ``Combinatorial Problems Arising in the Analysis of Human Polymorphisms'', AIRO2005, Camerino, 2005.
[A16] G. Lancia, ``Optimization Problems in Polymorphism Analysis'', INFORMS Annual Meeting, Denver, USA, 2004.
[A15] G. Lancia, F. Rinaldi, R. Rizzi, ``Reducing the k-mer diversity of a string'', AIRO2004, Lecce, 2004.
[A14,5] R. Carr, G. Lancia, S. Istrail, A. Johnston, B.Walenz, "Innovative Branching Strategies with Applications to Computational Biology'', INROMS Annual Meeting, Hawaii, USA, 2001.
[A14] B. Carr, G. Lancia, ``A successful application of Compact Optimization: the Protein Folding Comparison problem'', Proc. of XVI A.I.R.O. Annual Conference, 134, CUEC ed., 2001
[A13] G. Lancia, ``Easy and Hard Cases of SNP Haplotyping Problems'', The European Operational Research conference, EURO2001, Rotterdam, 2001
[A12] E. Balas, R. Carr, and G. Lancia, ``On the Connections Between the Symmetric and Asymmetric Traveling Salesman Problems'', Working Paper, Sandia Natl. Labs, 2000
[A11] B. Carr, G. Lancia and S. Istrail, ``The Maximum Independent Set Problem with Applications to Protein Structure Alignment'', International Symposium on Mathematical Programming, Atlanta, USA, 2000
[A10] G. Lancia, F. Rinaldi and P. Serafini, ``A Column Generation Approach to Solve Job Shop Problems'', XV Triennial IFORS Conference, Pechino, Cina, 1999
[A9] B.Y. Wu, G. Lancia, V. Bafna, K. M. Chao, R. Ravi and C. Y. Tang, ``Minimum Routing Cost Spanning Trees and Multiple Sequence Alignments'', IX SIAM Conference on Discrete Mathematics, Toronto, Canada, 1998.
[A8] G. Lancia and P. Serafini, ``A branch-and-price algorithm for minimum routing cost trees'', IX SIAM Conference on Discrete Mathematics, Toronto, Canada, 1998.
[A7] E. Balas, G. Lancia, P. Serafini and A. Vazacopoulos, ``Job Shop Scheduling with Deadlines'', AIRO97, St. Vincent e ISMP97, Losanna, 1997
[A6] A. Caprara, G. Lancia and S. K. Ng, ``A column-generation based branch-and-price Algorithm for Sorting By Reversals'', ISMP97, Losanna, Svizzera, 1997
[A5] G. Lancia, F. Rinaldi, P. Serafini, ``Improving Algorithms for Periodic Scheduling'', in Workshop on Models and Algorithms for Planning and Scheduling Problems, Cambridge, 1997
[A4] G. Lancia, ``Combinatorial Problems in Computational Molecular Biology'', (ps file) PhD thesis, Graduate School of Industrial Administration, Carnegie Mellon University, 1997
[A3] E. Balas, G. Lancia, P. Serafini and A. Vazacopoulos, ``Scheduling with Deadlines and Forbidden Times'', INFORMS96, Washington DC, 1996
[A2] G. Lancia, ``Biologia Computazionale: Problemi Combinatoriali in Biologia Molecolare'', AIRO news, n.2, 1996 (link)
[A1] G. Lancia, ``Combinatorial and Network-Flow Algorithms for Project Scheduling Problems'', Tesi di Laurea, Università di Udine, 1990
Dispense Didattiche [D]
[D3] G. Lancia, `'Matematica Discreta'', Corso di Matematica Discreta per Biotecnologie, Udine, 2003
[D2] G. Lancia, `'Appunti di teoria della complessita' computazionale'', (ps file) Corso di Ricerca Operativa, Padova, 2001
[D1] G. Lancia, `'Programmazione Lineare Intera'', (ps file) Corso di Ricerca Operativa, Padova, 1997